TIPO DE MUESTRA
Muestras de heces preferibles a torundas rectales; se consideran aceptables las torundas de heces depositadas en pañales; debido a la distribución aleatoria de los microorganismos en la muestra, tomar tres muestras secuenciales.
 
EXAMEN DE LAS MUESTRA
Macroscópico: observar el aspecto, sangre visible, moco, parásitos.
Microscópico: observar hematíes y leucocitos en la preparación húmeda; huevos, quistes y parásitos en la suspensión concentrada. La microscopia electrónica puede ser útil para la detección rápida de algunos virus.
 
CULTIVO
Medio/inóculo:  Mac (Agar MacConkey) o EAM(Agar con eosina azul de metileno) / ligero para colonias pequeñas.
ACD (Agar citrato desoxicolato) /intenso*.
Agar con sulfito de bismuto/intenso*.
Caldo de selenita F/> 1g de heces (subcultivo en ACD tras 18 h de lncubación).
Incubación: al aire durante 18-48 h a 35-37 °C.
* Debido a que estos medios selectivos inhiben a los agentes patógenos, pero en menor grado que a los comensales. 
 
AGENTES PATÓGENOS
Probables (método básico)
Especies de Salmonella, especies de Shigella, Escherichia coli (v. más abajo para cepas productoras de verotoxina).
 
Importantes (no aislados por las técnicas anteriores)
La historia y presentación del paciente indican el tipo de cultivo.
 
Demostrados por técnicas de cultivo especiales
Campylobacter:
• Medio; AS Columbia (Agar Sangre enriquecido) que se hace selectivo añadiendo una mezcla antibiótica.
• Incubación; microaerofílica (10% de O2) durante 24-48 h a 43 °C (para C. jejuni; temperatura más baja para otras especies). 
E. coli productor de verotoxina (ECEH)
• Medio: sorbitol Mac (Agar MacConkey Sorbitol) (los productores de verotoxina no suelen fermentar el sorbitol; otros E. coli si).
• Incubación: como método básico mostrado más arriba.
 
Yersinia enterocolítica:
• Medio: CIN (cefsulodina, irgasán, novobiocina) agar.
• Incubación: al aire durante 48-96 h a 30 °C.
 
Clostridium perfringens:
• Medio: medio con carne cocida de Robertson (x2); calentar uno a 80 °C durante 10 min antes de la incubación.
• Incubación: aire (condiciones anaeróbicas en la profundidad del medio) durante 18 h a 35-37 °C. 
• Subcultivo en medio: Agar Sangre neomicina (obsérvese que la hemólisis difiere en sangre de caballo y de oveja); incubación: AnO2 durante 18 h a 35-37 °C.
  
Vibrio cholerae:
• Medio: TCBS(Agar con tiosulfato, citrato, sales bilares, sacarosa).
• Incubación: al aire durante 18 h a 35 °C.
• Medio para enriquecimiento: agua con peptona alcalina (pH 9).
• Incubación: al aire durante 3-6 h a 35 °C.
• Subcultivo en TCBS e incubar como arriba.
 
Que se demuestran con microscopía:
• Huevos.
• Quistes.
• Parásitos helmintos.
• Entamoeba histolytica (forma móvil visible si la muestra se examina pronto).
• Trofozoitos (diarrea aguda) o quistes de Giardia lamblia.
• Rotavirus (y otros virus) visibles mediante microscopía electrónica.
 
Fuente: Microbiología Médica. Mims-Playfair-Roitt-Wakelin-Williams. Mosby.